Le prime tracce storiche che fanno esplicitamente riferimento al paese di Gaggiano risalgono al 1144, in riferimento ad alcuni terreni che i signori Girardo e Giovanni Boccardi di Milano avevano in feudo proprio in quelle terre. Successivamente, nel 1274, Gaggiano viene ricordato come tappa di sosta del Carroccio dei Milanesi che stavano movendo le truppe in direzione di Pavia. A partire dal XV secolo le terre di Gaggiano furono donate da Galeazzo Visconti ai monaci certosini i quali, nella località di Vigano, insediarono un monastero, tuttora conservato. La presenza dei monaci certosini perdurò fino al 1769 e contribuì in maniera decisiva allo sviluppo del territorio attraverso la creazione di un sistema di irrigazione per la coltivazione dei campi. Nei secoli successivi lo sviluppo del paese e delle sue frazioni fu abbastanza limitato. Solo durante il XX secolo con la grande espansione urbana di Milano, Gaggiano è cresciuto in dimensioni e abitanti, preservando però quasi intatto quel carattere di borgo rurale che lo ha caratterizzato per secoli.